三年没同居离婚的办理方式有：
1、协议离婚，双方亲自到婚姻登记机关办理离婚手续，离婚冷静期期限过了的，发给离婚证；
2、诉讼离婚的，一方携带起诉状以及证明夫妻感情破裂的证据材料到被告住所地的人民提起离婚诉讼。
【法律依据】
《民法典》第一千零七十九条
夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民提起离婚诉讼。
人民审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
经人民判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
